答案：B

解析：A項與中國古代的君主專制不斷加強的發展史實不相符合，所以排除A項。內閣取代六部與史實不符合，這二者不存在政治隸屬關系，六部直接受皇帝統領，內閣是皇帝的內侍機構。D項與史實不符合，材料中的所說的首輔權利來源于皇帝，皇帝信任的首輔大臣專權只能說明是皇權的集權不斷加強。
故選：B。
考查明清君王專制強化，重點對廢丞相、設內閣知識點的掌握。
本題考查學生對于中國專制主義中央集權制度發展狀況的理解與運用能力，準確理解廢丞相，設內閣實質是君主專制強化的體現。